Sterilizatör kullanımı, cihaz tipine ve sterilizasyon yöntemine bağlı olarak değişir. Genel kullanım süreci şu şekildedir:

Malzemelerin temizlenmesi ve uygun şekilde hazırlanması

Sterilizatörün doğru sıcaklık ve basınç ayarlarına getirilmesi

Malzemelerin sterilizatör içerisine yerleştirilmesi

Belirlenen süre boyunca sterilizasyon işleminin gerçekleştirilmesi

Sterilizasyon tamamlandıktan sonra malzemelerin steril bir şekilde çıkarılması ve saklanması